Hệ quả đầu tiên của cuộc chiến là việc chia cắt nước Đức thành nhiều vùng khác nhau. Mỗi vùng, dù vẫn là thành viên của Đế chế, trên thực tế có chủ quyền riêng biệt. Điều này làm suy giảm nghiêm trọng sức mạnh của Đế chế La Mã Thần thánh và phi tập trung hóa quyền lực ở Đức. Đây cũng được xem là nguyên nhân sâu xa cội rễ của chủ nghĩa quân phiệt Đức và chủ nghĩa dân tộc ở Đức sau này.

Chiến tranh Ba Mươi Năm đã sắp xếp lại cấu trúc quyền lực trước đó ở châu Âu. Sau khi các xứ Sachsen và Brandenburg về với Đế quốc La Mã Thần thánh, việc quân Pháp nhảy vô tham chiến đã đưa bản chất của cuộc chiến dần trở thành một cuộc đấu tranh chống ngoại xâm của nhân dân Đức.[2] Ảnh hưởng của Tây Ban Nha, cả về quân sự và chính trị, suy giảm nghiêm trọng. Trong khi Tây Ban Nha đang mắc kẹt trong cuộc chiến với Pháp, Bồ Đào Nha, là một quốc gia nằm dưới quyền bảo hộ của Tây Ban Nha trong 60 năm trước đó (từ 1580), đã có vị vua riêng của họ là João IV, vào năm 1640, và triều đại Braganza được thiết lập ở Bồ Đào Nha. Ngoài ra, Đế quốc Tây Ban Nha cuối cùng phải thừa nhận nền độc lập của Hà Lan vào năm 1648, kết thúc cuộc chiến tranh Tám mươi năm. Cùng với sự suy yếu của Tây Ban Nha, Pháp nổi lên là quốc gia hùng mạnh bậc nhất ở châu Âu, được khẳng định bằng chiến thắng trong cuộc chiến tranh Pháp–Tây Ban Nha diễn ra không lâu sau đó.

Thất bại của Tây Ban Nha và các lực lượng ủng hộ đế chế còn đánh dấu sự suy sụp của triều đại Habsburg và sự nổi lên của Vương triều nhà Bourbon nước Pháp. Trong suốt cuộc chiến tranh tàn khốc, xứ Brandenburg bị cả quân Thụy Điển lẫn Quân đội Đế quốc La Mã Thần thánh tàn phá dữ dội. Trong khi đó, Tuyển hầu tước xứ Brandenburg thường thực hiện những chính sách thiếu quyết đoán đối với cả hai phía. Trong thế kỷ thứ 18 sau này, một vị vua lớn của nước Phổ-Brandenburg là Friedrich II Đại Đế (trị vì: 1740 - 1786) có chép sử, theo đó Tuyển hầu tước Georg Wilhelm thật không có tài năng trị vì lãnh địa.[8] Vua Friedrich II cũng ghi nhận về hậu quả của cuộc Chiến tranh Ba Mươi Năm đối với lãnh địa Brandenburg:[9]

Từ 1643 đến 1645, những năm cuối cùng của cuộc chiến, chiến tranh Tortenson diễn ra giữa Đan Mạch và Thụy Điển. Kết quả của cuộc chiến đó và của cuộc chiến lớn diễn ra trên toàn châu Âu cùng với hòa ước Westphalia năm 1648 đã khẳng định vị thế một cường quốc ở châu Âu của Thụy Điển sau khi chiến tranh kết thúc. Nhưng rồi, tân Tuyển hầu tước Friedrich Wilhelm I xứ Brandenburg trung hưng, xây dựng lực lượng Quân đội tinh nhuệ, và rồi đại phá tan tác được hùng binh Thụy Điển (1675). Xứ Brandenburg vươn lên phát triển cường thịnh, thế là họ thiết lập Vương quốc Phổ-Brandenburg vào năm 1701. Vua Friedrich II sau này đã đánh giá rất cao về vị Tuyển hầu tước lớn Friedrich Wilhelm I thành tựu này.[10][11]

Những điều khoản được thỏa thuận trong suốt quá trình thương lượng dẫn đến ký kết hòa ước Westphalia đã đặt nền móng cho những nguyên tắc ứng xử trong quan hệ quốc tế sau này và thậm chí được xem là những nguyên lý cơ bản của định nghĩa chủ quyền với các quốc gia độc lập. Ngoài việc xác định biên giới lãnh thổ rõ ràng cho nhiều quốc gia liên quan (cũng giống như các quốc gia mới được thành lập sau này), hòa ước Westphalia đã thay đổi mối quan hệ giữa các thần dân và những người cai trị. Lúc đầu, người dân thường có xu hướng tuân theo cả các quyền lực chính trị và tôn giáo. Sau hòa ước Westphalia, các công dân của một quốc gia có chủ quyền trên nguyên tắc trước hết phải tuân theo luật lệ của chính quyền đang cai quản quốc gia đó, dù cho chính quyền đó là tôn giáo hay là thế tục.

Ngoài ra, chiến tranh còn mang tới một số hệ quả quan trọng khác:

• Chiến tranh Ba Mươi Năm là cuộc chiến tranh vì tôn giáo lớn cuối cuối cùng ở châu Âu lục địa, kết thúc thời kỳ dài của những cuộc đổ máu vì lý do tín ngưỡng. Vẫn còn tồn tại xung đột về tôn giáo đây đó ở châu Âu, nhưng không xảy ra những cuộc chiến tranh lớn.[12]
• Những tàn phá do các đội quân lính đánh thuê gây ra là cực kỳ lớn. Cuộc chiến tranh Ba Mươi Năm đã góp phần dẫn đến việc chấm dứt thời kỳ các quốc gia sử dụng lính đánh thuê. Những quốc gia châu Âu bắt đầu xây dựng cho mình những đội quân riêng, có kỷ luật và chiến đấu trước hết vì đất nước. Ví dụ, sau khi lên nối ngôi vào năm 1640, Tuyển hầu tước lớn của xứ Brandenburg là Friedrich Wilhelm I đã tìm cách chấm dứt chiến tranh, và xây dựng một lực lượng Quân đội tinh nhệ và có trình độ kỷ luật cao để bảo vệ nền độc lập của lãnh địa mình. Nhờ đó, nền độc lập của xứ Brandenburg được duy trì và bảo vệ bởi một lực lượng vũ trang hùng hậu, thay vì việc tham gia các liên minh mà đã mang lại ảnh hưởng xấu của xứ Brandenburg trong cuộc Chiến tranh Ba Mươi Năm.[13] Cuối cùng, trong chiến dịch phạt Brandenburg của quân Thụy Điển hùng mạnh vào năm 1675, Quân đội tinh nhuệ Brandenburg đã đại phá tan nát quân Thụy Điển trong trận đánh lịch sử tại Fehrbellin.[10]